Возможно ли менять структуру файла web-menu.xml после запуска программы, то есть во время выполнения кода ?
Во время разработки можете меня “на горячую” из CUBA Studio при запущенном приложении.
Для применения изменений придется перелогиниться без полного перезапуска приложения.
А если надо видоизменять меню в “боевом” приложении в ходе его работы - делайте это через API. У AppMenu и SideMenu есть методы для этого.