Возможно ли с помощью какого-то из этих методов создать копию Entity сущности со всеми её @OneToMany в базе данных? Обновится при этом ID сущности и всех её “вложенных под-сущностей”? Мои эксперименты не привели ни какому результату. Или они не для этого?
Это служебные методы, для “прикладного” копирования сущностей в БД они не подойдут, так как не меняют идентификаторов сущностей (как вы правильно заметили).