Для первоначальной загрузки данных из другой системы нужно написать конвертор, который будет выполнен одноразово, т.е. нет необходимости держать его код в дальнейшем внутри приложения. Возможно ли создать standalone application для запуска из командной строки в котором использовать DataManager и базу CUBA приложения? Есть ли рецепты?
Можно попробовать запустить app-core как отдельное приложение, как это делается в интеграционных тестах. Там запускается Spring контейнер без Tomcat и в нём полностью работоспособное приложение с доступом к СУБД.